Метод дробовика (shotgun experiment)

Метод дробовика (shotgun experiment) - Получение случайной массированной выборки клонированных фрагментов ДНК данного организма (т.е. «дробление» генома), на основе которых может быть составлена его геномная библиотека. Полученные в результате «метода дробовика» последовательности нуклеотидов после дополнительного клонирования могут быть использованы в различных генетических экспериментах.

Комментарии*

Дополнения к описанию:

  • Механизм работы:

    • Фрагментация геномной ДНК с помощью ультразвука или ферментативного расщепления
    • Клонирование случайных фрагментов в бактериальные векторы (плазмиды, космиды, BAC)
    • Массовое секвенирование полученных клонов

  • Ключевое применение:

    • Быстрое секвенирование целых геномов без предварительной генетической карты
    • Использовался в проекте "Геном человека" и других крупных геномных проектах

  • Особенности:

    • Требует сложной биоинформатической сборки (assembly) перекрывающихся последовательностей
    • Может оставлять пробелы в трудно клонируемых регионах генома
    • Эффективен для геномов с низким содержанием повторов

  • Современные альтернативы:

    • Методы секвенирования нового поколения (NGS) часто используют принципы shotgun-подхода
    • Длинночтениевые технологии (PacBio, Nanopore) уменьшают проблему сборки
*Подобраны с помощью LLM, верифицированы, но возможны неточности.
Ещё по теме
Библиотеки генов и секвенирование ДНК
Полимеразная цепная реакция в генной инженерии
Методы гомогенизации биологического материала
Методы клонирования ДНК
Лабораторный синтез дибромметана