Гуттаперча, как и натуральный каучук, в основном состоит из высокомолекулярного углеводорода, отвечающего по составу формуле С6Н8 и называемого гуттой. Различие свойств гутты и каучука объясняется стереоизомерией этих углеводородов. Натуральный каучук имеет цис-строение, а гутта — транс-строение: