Метаболические карты

Пояснение

В этом разделе (сс. 395-407) приведены 13 метаболических карт, на которых в компактной и схематической форме представлены основные метаболические пути. Карты не сопровождаются какими-либо дополнительными пояснениями.

Метаболические карты
— содержат описание метаболических путей, которые в основной части книги по причине экономии места приведены в общем виде. В особенности это касается путей биосинтеза и деградации аминокислот и нуклеотидов, и отчасти углеводного и липидного обмена;
— позволяют получить полное представление о конкретном метаболическом пути, образующихся промежуточных и конечных соединениях, а также о ферментах, катализирующих биохимические реакции;
— могут служить справочным материалом, позволяющим определить место известных веществ в метаболических путях.
Важнейшие промежуточные соединения на схемах пронумерованы. Соответствующие соединения можно легко идентифицировать с помощью сопутствующей таблицы.

Для каждой биохимической реакции приводится классификационный код соответствующего фермента (см. с. 94). Названия и коды ферментов приведены также в систематизированном списке ферментов (см. сс. 408-418), в котором все упомянутые в тексте ферменты расположены в соответствии с их кодом. Для идентификации ферментов рекомендуется также пользоваться предметным указателем.
Для реакций с участием коферментов приводятся названия коферментов (частично в тривиальном варианте). Для наиболее важных начальных, промежуточных и конечных соединений приведены полные названия или формулы.


Пример

На с. 395 наверху слева приведен начальный этап темновой реакции фотосинтеза (цикл Кальвина).



Согласно этой реакции из одной молекулы рибулозо-1,5-дифосфата (метаболит 1) и одной молекулы CO₂ (метаболит 2) образуются две молекулы 3-фосфоглицерата (метаболит 3).
Код соответствующего фермента 4.1.1.39. Из списка ферментов следует, что речь идет о рибулозодифосфат-карбоксилазе/оксигеназе (РДФКО, «рубиско» или 3-фосфо-D-глицерат-карбоксилазе), ключевом ферменте восстановительного пентозофосфатного цикла ассимиляции углерода при автотрофии. РДФКО принадлежит к классу 4 (лиазы) и в пределах этой группы к подклассу 4.1 (карбоксилиазы). В качестве кофактора фермент содержит медь ([Cu]).